เมื่อวันที่ 5 กันยายน 65 ที่ศาลอาญาคดีทุจริตเเละประพฤติมิชอบกลาง ถนนเรียบรางรถไฟ นายนิพนธ์ บุญญามณี รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย เดินทางมาศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบกลาง กรณีที่ป.ป.ช. ส่งฟ้องคดีไม่จ่ายเงินค่ารถซ่อมบำรุงทางอเนกประสงค์ตามนัด โดยเมื่อมาถึงนายนิพนธ์ แจ้งว่าในเช้าวันนี้ได้ แจ้งขอลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทยต่อ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี พร้อมทั้ง แจ้งนายจุรินทร์ ลักษณะวิศิษฎ์ หัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์ เนื่องจากเห็นว่าคดีเข้าสู่กระบวนการพิจารณาของศาล จึงตั้งใจที่จะสู้คดี โดยไม่อยากให้มองว่านำตำแหน่งหน้าที่มาเกี่ยวข้องหรือกดดัน
ทั้งนี้ ในการแจ้งต่อพลเอกประยุทธ์ ก็ได้กล่าวชื่นชมต่อการตัดสินใจและให้กำลังใจ โดยนายนิพนธ์ ได้ยืนยันการตัดสินใจเรื่องรถอเนกประสงค์ ยึดผลประโยชน์ประเทศ และไม่เสียใจที่เคยตัดสินใจเช่นนั้น
